הערכת פרויקט "טבע הכימיה" נועדה לבחון האם הפרויקט הגשים את המטרות של שיפור הידע בכימיה, העלאת העניין במדעים בכלל ובכימיה בפרט והעלאת הרצון ללמוד כימיה ומקצועות מדעיים אחרים בעתיד בקרב התלמידים המשתתפים בו. תחום נוסף שנבחן היה מידת שביעות-רצונם של המשתתפים בפרויקט. באופן כללי, ניתן לומר כי הפרויקט הגשים את מטרותיו.
בעקבות הפרויקט התלמידים דיווחו כי יש להם ידע רב יותר בכימיה, עניין רב יותר במדעים בכלל ובכימיה בפרט ורצון רב יותר ללמוד מדעים וכימיה בהשוואה לתחילתו. החונכים והמורים דיווחו על תרומה במידה בינונית ומעלה לידע של התלמידים בכימיה, למידת העניין שלהם במדעים ובכימיה ולרצונם ללמוד מדעים וכימיה בעתיד (מלבד החונכים שדיווחו על תרומה מועטה-בינונית ברצון ללמוד כימיה בעתיד).
אחד הממצאים המעניינים בהערכה היה שעל פי תפיסותיהם של החונכים, ההשתתפות בפרויקט תרמה במידה מסוימת לרצונם לעסוק במקצוע הדורש ידע בכימיה ולרצונם ללמד כימיה. מכאן, שעל אף שרבים מהם נמצאים במסלול לימודים מדעי המשלב בתוכו את מקצוע הכימיה, ההשתתפות בפרויקט תרמה ולו במעט לרצון (שככל הנראה כבר קיים) לעסוק במקצוע הדורש ידע בכימיה.
באשר לשביעות רצונם של המשתתפים בפרויקט, באופן כללי ניתן לומר כי הן התלמידים, הן החונכים והן המורים לכימיה שהשתתפו בפרויקט, היו שבעי רצון ממנו במידה בינונית עד רבה. עם זאת, מעניין לציין כי החונכים דיווחו על רצון רב יותר להשתתף בעתיד בפרויקט בהשוואה לתלמידים. ממצא זה אינם מפתיע נוכח העובדה כי פרויקט "טבע הכימיה", אחרי הכל, הנו פרויקט לימודי המתקיים בבית-הספר. לא מדובר במסגרת של העשרה חוץ-בית ספרית וולונטרית, אלא בפרויקט המחייב את כל תלמידי הכיתה. מכאן, שגם אם הפרויקט הנו מוצלח במיוחד, יש בכך מן ההגיון שהתלמידים המשתתפים בו יביעו פחות רצון להשתתף בפרויקט דומה בעתיד בהשוואה לחונכים המעבירים אותו.
ממצא שיש לתת עליו את הדעת היה הממצא שמידת העניין במדעים ובכימיה בקרב התלמידים לקראת סוף הפרויקט הייתה גבוהה יותר במחצית ב' בהשוואה למחצית א'. הסבר אפשרי לממצא זה עשוי להיות הניסיון שהחונכים החלו לצבור עם הזמן. ייתכן שניסיון זה תרם לשיפור בטיב ההוראה שלהם וביכולתם לעניין את התלמידים. לצורך זה, ראוי יהיה לבחון לאורך זמן את פעילות החונכים הממשיכים בפרויקט מספר שנים. במידה וימצא שניסיון החונך אכן קשור ליכולתו לתרום למידת העניין של התלמידים, ייתכן וכדאי יהיה לעודד חונכים להמשיך בפרויקט יותר משנה אחת.
תמיכה מסוימת להסבר שלעיל ניתן למצוא בממצא שחונכים שלא חנכו בעבר בפר"ח דיווחו על פחות שיפור במידת העניין של התלמידים במדע בעקבות הפרויקט ועל פחות עידוד של התלמידים לבחור בכיוון מדעי בהשוואה לחונכים שנה שניה בפר"ח, שכן גם ממצא זה עשוי להיקשר לניסיונם של החונכים. ייתכן שחונכים שהתנסו בעבר בפר"ח חשו בטוחים יותר בעבודתם ויכולתם לתרום לתלמידים. העדר הבדלים מובהקים בין חונכים שהשתתפו בעבר בפרויקט הספציפי של "טבע הכימיה" לבין חונכים שלא התנסו בו בעבר יכול לנבוע ממספרם המצומצם של החונכים שהיה מעורב בפרויקט בשנים קודמות.
באשר לקשיי החונכים, מקור הקושי העיקרי שלהם נבע מן התלמידים, לאחר מכן מחומרי ההוראה ולבסוף מצוות בית-הספר. ואכן, ככל שקשיי החונכים עם התלמידים היו רבים יותר, הם דיווחו על תרומה מועטה יותר של הפרויקט עבור התלמידים. כמו כן, ככל שקשייהם עם חומרי ההוראה היו רבים יותר, שביעות רצונם מן הפרויקט היתה נמוכה יותר. באופן מפתיע, ככל שקשיי החונכים עם הצוות היו רבים יותר, שביעות הרצון שלהם מן הפרויקט היתה גבוהה יותר. הסבר אפשרי לכך עשוי להיות שצוות בית-ספרי שמיעט לשתף פעולה עם החונכים למעשה נתן להם להיות יותר עצמאיים ודומיננטיים בפרויקט. כתוצאה, ייתכן שהחונכים חשו כי מידת התרומה וההשפעה שלהם הייתה רבה יותר ולכן חשו יותר שביעות רצון. כך או כך, בבחינת מקורות הקושי רצוי היה לבחון באילו קשיים בדיוק מדובר על מנת להבין טוב יותר את טיבם של הקשרים שנמצאו.
ממצאים מעניינים נוספים היו קשורים לגודל הכיתה. בניגוד לצפוי, ככל שמספר התלמידים שהשתתפו בפרויקט היה רב יותר, תרומת הפרויקט נתפסה כרבה יותר בשיפור הידע והעניין בכימיה וכן בעידוד התלמידים לבחור בעתיד בכיוון מדעי בכלל ובמקצוע הכימיה בפרט. בנוסף לכך, הנכונות להמליץ על הפרויקט הייתה גבוהה יותר ככל שהיו יותר תלמידים היה גדול יותר בכיתה. ממצאים אלו עומדים בניגוד לטענה הרווחת של מורים רבים שככל שהכיתות עמוסות יותר בתלמידים, תרומתו של המורה קטנה יותר. יחד עם זאת, יש לזכור כי באופן כללי הכיתות שהשתתפו בפרויקט היו יחסית קטנות, כאשר כל כיתה הכילה בממוצע פחות מ-26 תלמידים. מכאן, שמדובר בכיתות לא גדולות באופן יחסי. כמו כן, ייתכן שכיתות בעלות מספר קטן יחסית של תלמידים נתפסו ככיתות קשות יותר להוראה מבחינה זו שהאקלים בהם עשוי היה לדרוש מאמצים רבים יותר בשיתוף התלמידים ובדירבונם ללמידה.
באשר לשיטות ההוראה של החונכים, שיטת ההוראה הנפוצה ביותר בפרויקט הייתה השיטה הפרונטלית ולאחריה השימוש בניסויים ובהדגמות. השיטה הכי פחות שכיחה הייתה השיטה היחידנית. כמו כן, ככל שהשימוש בניסויים והדגמות היה רב יותר, תרומת הפרויקט בהקשר להגברת העניין בכימיה ובמדע ועידוד התלמידים לבחור בכימיה בעתיד נתפסה כרבה יותר, וככל שנעשה שימוש רב יותר במשחקים, תרומת הפרויקט בהקשר להגברת העניין של התלמידים בכימיה נתפסה גם היא כרבה יותר. מכאן, שייתכן שלשיטות ההוראה בפרויקט הייתה תרומה להעלאת העניין והרצון ללמוד כימיה ומדע בעתיד, שכן השיטות שהיו קשורות למדדים אלו היו גם השיטות היותר נפוצות בפרויקט. כמו כן, ניתן להסיק כי ניסויים, הדגמות ומשחקים הן שיטות שמעוררות עניין ויש לעודד את החונכים להמשיך ולהשתמש בהן.
